Nicaragua dispone de puertos en la costa de ambos océanos y en los lagos Xolotlán y Cocibolca. La historia de Nicaragua como lugar de tránsito se remonta a los primeros años de la colonia, cuando era lugar de paso al entonces reino del Perú, y El Realejo era un punto de referencia en las costas americanas. Esta situación permaneció inalterable hasta mediados del siglo XIX, cuando el entonces presidente Tomás Martínez, autorizó que se estableciera la ciudad portuaria en la bahía de El Realejo, hoy llamada Corinto.

En el siglo XIX, con la instalación de la "Compañía Accesoria del Tránsito", el desarrollo portuario de Nicaragua se incrementó con el flujo de vapores, diligencias y tráfico por el Río San Juan y el Lago Cocibolca, transportando a muchos aventureros y otras personas durante la llamada fiebre del oro hacia la costa oeste de Estados Unidos; probando una vez más que en el comercio, la ruta más corta no es una recta, sino la más económica y segura.

Para estos fines se desarrollaron los puertos de San Juan del Sur, San Jorge, La Virgen y Río San Juan , siendo estos lugares, hasta hoy, un destino obligado para conocer los atractivos turísticos del país señalados por los viajeros de esa época, entre los que se destaca Samuel Clemens (Mark Twain).

En la costa atlántica, en Bluefields, existían instalaciones portuarias, bajo el dominio de Inglaterra, las que se integraron a la incipiente red portuaria nicaragüense a inicios del siglo XX; al reincorporar, el Presidente José Santos Zelaya, el territorio de la costa atlántica al dominio nacional. También durante la primera mitad del siglo XX, se establece un puerto con el nombre de Puerto Cabezas, aunque inicialmente esas instalaciones portuarias eran de uso exclusivo de una compañía estadounidense, que habían ejecutado las obras correspondientes.

En el año de 1955 se construyó un puerto con el nombre de Puerto Somoza, con el objetivo de ser de uso exclusivo del dictador de ese apellido y de sus allegados. Este puerto fue integrado al sistema nacional portuario por el gobierno revolucionario en 1980, con el actual nombre de esas instalaciones, Puerto Sandino, en honor a nuestro máximo Héroe Nacional, Augusto C. Sandino.

A finales del  año 1956 se fundó la autoridad portuaria de Corinto. En la segunda mitad del siglo XX, con la construcción de carreteras estratégicas en el país, quedó establecida la conexión terrestre en todo tiempo entre el pacífico y poblados del Atlántico Sur hasta las riberas del río Escondido, concretamente hasta el poblado de El Rama, donde ya existía un pequeño puerto sobre el río, que comunicaba con el puerto de Bluefields.

En las costas del lago Cocibolca, ya existían instalaciones portuarias pequeñas; en Granada, San Carlos, San Jorge, Moyogalpa y Altagracia, administrados por las delegaciones municipales; también en San Miguelito,  administrado por el entonces existente Ferrocarril de Nicaragua. A mediados de la década de 1980, el Gobierno Revolucionario, comenzó la creación de un puerto de aguas profundas en la Costa Atlántica, en el sector de El Bluff, cuyas obras fueron destruidas por el huracán Juana en 1988.

Con el decreto número 405 del 17 de mayo de 1980, el Gobierno Revolucionario creó la Empresa Nacional de Puertos (ENAP), como primera entidad regente de todas las instalaciones portuarias del país bajo un mando único. Posteriormente, El 27 de Junio de 1995, con el decreto número 35-95, se crea la Empresa Portuaria Nacional (EPN), sucesora sin solución de continuidad de ENAP, la cual se mantiene hasta el presente.

En la actualidad, la EPN, cuenta bajo su jurisdicción con seis puertos internacionales, tres en la costa del océano Pacífico y tres en el litoral atlántico, además de 7 puertos lacustres en el lago Cocibolca y 1 puerto en el lago Xolotlán, construyéndose en la actualidad otro en el municipio de San Francisco Libre. La EPN está realizando grandes esfuerzos por continuar modernizando las instalaciones de todos sus puertos permitiéndoles un mayor desarrollo, eficiente y competitivo, con un nivel adecuado de seguridad, con total respeto, así como también el cumplimiento de las normas y convenios internacionales suscritos por el gobierno nicaragüense.