El puerto se localiza en la costa norte del Lago de Nicaragua, en el Municipio de Morrito, Río San Juan, a los 85*05' longitud Oeste y 11* 35' Latitud norte.

Ubicado a unos 230km de la capital Managua, Puerto Morrito esta próximo a bellas islas como la Isla San Bernardo.  Además está  El Río Oyate, donde existe  una variedad de animales silvestres como pájaros, mariposas y  monos.

Cuenta con un Muelle de concreto construido sobre bases de gaviones. El puerto presta servicios de carga y pasajeros.  En esta zona las embarcaciones regularmente trasladan materiales de construcción y productos originados de  las principales actividades de la zona como  son la agricultura, ganadería y pesca.