Ubicado en el departamento de Río San Juan, en la cabecera departamental San Carlos. Es el punto de partida para viajar hacia otras rutas como El Castillo, Boca de Sábalos, Los Chiles y el Archipiélago de Solentiname. 

Navegar por el sereno y misterioso Río San Juan es un encuentro con la vía fluvial de mayor historia en el país, referencia de un canal interoceánico. La ciudad donde se ubica el muelle cuenta con un pequeño aeródromo que conecta directamente con el Aeropuerto Internacional Augusto C. Sandino en la capital Managua. También hay una terminal de buses con diversas rutas. Las embarcaciones de la EPN Regional Lacustre cubren la ruta: Granada - Altagracia - Morrito - San Miguel - San Carlos y viceversa, los días lunes y la ruta Granada - Altagracia - San Carlos y viceversa los días jueves.

Durante el viaje se pueden apreciar las bellezas naturales, la accesibilidad en el costo del pasaje hace que miles de visitantes prefieran este medio, las mejoras en las embarcaciones y las instalaciones portuarias tambiém han contribuido en el desarrollo turístico de toda esta región.

Ubicado en el Río San Juan, a tan solo 248 kilómetros de la capital. Este puerto está ubicado en una de las zonas más ricas en fauna y flora de Nicaragua. Con una privilegiada posición geográfica cuenta con un muelle de concreto construido sobre las bases de gaviones.

La longitud del muelle es de 169 metros y el ancho de 3.30 metros. La profundidad del área de atraque es de 8 pies aproximadamente. Sobre la plataforma del muelle existe una línea férrea que conecta con la bodega, la que transporta la carga del muelle a la bodega y viceversa. También está dotado de una bodega para el almacenaimiento de carga.

Ubicado en la Isla de Ometepe, Rivas a 53 kilómetros del Puerto de Granada, a cuatro horas de navegación y al noroeste del Puerto de Moyogalpa.

Este puerto es el segundo de importancia en la isla, las instalaciones constan con un muelle tipo marginal de 511 metros cuadrados, formado por caja de concreto reforzado con varillas de acero, utilizando uno de los tres atracaderos debido a los bajos niveles que presenta el lago en la época seca.

Ubicado en el Río San Juan, a unos 230 kilómetros de la capital Managua. Puerto Morrito está próximo a la bella isla San Bernardo y al Río Oyate donde existe una variedad de fauna silvestre, además cuenta con un muelle de concreto construido sobre bases de gaviones.

También éste puerto presta servicios de carga y pasajeros.

Es el mayor puerto de importancia en la Isla de Ometepe. Posee un acceso de 120 metros de longitud, con un área de 250 metros cuadrados, cuenta además con un canal de acceso al muelle. El puerto presta servicios de carga y pasajeros, los que se han incrementado en estos últimos años con el desarrollo turístico de la isla, considerada la isla más grande del mundo en un lago de agua dulce.